微藻儲存的化學能以油類如中性脂質或甘油三酸酯形式存在；微藻油可被提取和通過與短鏈醇類反酯化轉化成生物柴油，或通過脂肪酸加氫生產線性烴類，用作為燃料組分。微藻也可合成其他燃料產品，如氫氣、乙醇和類似于原油的長鏈烴類。微藻生物質可通過厭氧發酵轉化為生物氣體（沼氣）。

    盡管擁有潛力，但與基于陸地的能源作物比較，微藻的生產能力目前還受到一定限制。

    目前全世界微藻制造的基礎設施(生產~5000噸干的微藻生物質當量)可抽取高價值產品，提取如類胡蘿卜素和ω-3脂肪酸，可用于食物和飼料成份。 

    微藻類生物燃料的生產需要大規模和低的成本。如果歐洲所有運輸燃料由生物柴油替代，則每年需要近4億m3。如果這些生物柴油通過微藻來供應，則需要925萬公頃(近葡萄牙面積)土地來培殖才能供應歐洲市場，假設生產效率為4萬升/公頃•年。這一生產能力基于3%的太陽能轉化成生物質(理論最大值為9%)和生物量含油量為50%，以葡萄牙光照條件為基準。

    因此，微藻技術的發展仍需要有一個飛躍。圖1示出理想的微藻特征。
René H. Wijffels 和Maria J. Barbosa等人有關這一微藻生物燃料觀點已在《科學雜志（journal Science）》上發表。